โรงพยาบาลทันตกรรม ประกอบด้วยหน่วยงานภายใน ดังนี้

1.  งานสำนักงานโรงพยาบาลทันตกรรม มีภาระงานประกอบด้วย
1. ด้านบริหารและธุรการ การเงินและพัสดุ
2.  ด้านประชาสัมพันธ์ เวชระเบียนและประสานสิทธิ์
3. ด้านระบบเทคโนโลยีสารสนเทศโรงพยาบาลทันตกรรม
4. ด้านซ่อมบำรุงครุภัณฑ์ทางทันตกรรม 
5. ด้านหน่วยทันตกรรมพระราชทาน 
6. ด้านบริหารหลักสูตรประกาศนียบัตรผู้ช่วยทันตแพทย์
   
2.  งานบริการผู้ป่วย มีภาระงานประกอบด้วย
1. งานบริการเพื่อการเรียนการสอน มีภาระงานประกอบด้วย
1. คลินิกพิเคราะห์โรคช่องปากและเวชศาสตร์ช่องปาก
2. คลินิกรังสีวิทยาช่องปากและแม็กซิลโลเฟเชียล
   
3. คลินิกศัลยศาสตร์ช่องปากและแม็กซิลโลเฟเชียล
4. คลินิกปริทันตวิทยา
5. คลินิกทันตกรรมประดิษฐ์
   
6. คลินิกทันตกรรมบูรณะ
7. คลินิกทันตกรรมพร้อมมูล
8. คลินิกทันตกรรมจัดฟัน
9. คลินิกทันตกรรมสำหรับเด็ก
10. คลินิกส่งเสริมสุขภาพและทันตกรรมป้องกัน
11. ห้องปฏิบัติการทางทันตกรรม
12. คลินิกบัณฑิตศึกษา
13. คลินิกบัณฑิตศึกษา 
2. งานบริการทั่วไป มีภาระงานประกอบด้วย 
1. หน่วยผ่าตัด-วิสัญญีวิทยาและหอผู้ป่วย
2. บริการด้านเภสัชกรรม
3. ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์การแพทย์
   
4. หน่วยซัพพลายและซักฟอก
5. ศูนย์เอกซเรย์ทางทันตกรรม
6. หน่วยบูรณะช่องปากและใบหน้า
   
3. คลินิกทันตกรรมพิเศษ
   
4. โครงการจัดตั้งศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียม